人間と鬼、姿形のまったく異なる二つの種族が存在した古の時代。互いに疑心を抱いていた二つの種族は、強大な力の宿った角を有する鬼人と、人間でありながら鬼をも凌駕する力を備えた少数の『神臨人』とが互いに不可侵を誓い合うことで、薄氷の上に平和を保っていた。
しかし、ある時代にあって、人間の国に『神臨人』が同時期に多く誕生したことで両者の間には緊張が走り、人間側の一代前の王が、鬼人との国境にほど近い場所に巨大な城塞を築城する計画を打ち立てたことで、仮初の平和は瓦解した。
鬼人の若き王アルラスは、親友であり、鬼人が誇る最強の武士団、『阿修羅』を率いるバトゥとともに、鬼人が生き残る道を模索していくが、アルラスたちの思惑とは裏腹に、鬼人は徐々に追い詰められていく。消えゆく種族の未来のため、アルラスが決断したことは‥‥。
多惑星存在となり、栄耀栄華を極めた人類は、宇宙が自分たちのために創られたと信じて疑わず、己の領域をさらに広げようと暗い宇宙の調査を広げていった。
しかし、そこで人類が知ったことは、宇宙に終わりが迫っていることだった。宇宙の終わりという絶望を前に、人類は徐々に出生数を減らしていき、ゆるやかに絶滅する『スリープ計画』を立ち上げるが、自分たちの勝手で子どもを産む人間によって計画は失敗し、宇宙とともに死を迎える世代が誕生してしまう。
『残される者』と呼ばれる彼らは、天寿を全うすることなく、大人たちに残されて宇宙とともに死んでいく。『残される者』の一人であるトーマは、少人数の老人たちとともにコロニーで暮らしていたが、ある時コロニーを訪れた『見届ける者』の親子、フョードルとシャロンに出会う。シャロンの話に魅了されたトーマは外の世界への憧れを抱くが、すぐそこまで迫った宇宙の終わりをまえに、もうなにもかも遅いと諦めていた。
しかし、突然コロニー内で新たな『残される者』が産まれたことで、トーマの運命は大きく変わっていく。
